Javier Adelmar Zanetti telah dilahirkan di Buenos Aires, Argentina. Beliau merupakan asal keturunan Itali dan ibu bapa beliau bekerja di kawasan pelabuhan di daerah Dock Sud, salah satu tempat terkenal di ibu kota Argentina itu. Bapa Zanetti, Rodolfo merupakan seorang tukang batu manakala ibunya, Violeta Bonnazola seorang tukang cuci. Zanetti mula bermain bola sepak di pusat bandar. Semasa beliau remaja, beliau cuba memasuki kelab akademi Independiente tetapi ditolak kerana diberitahu bahawa beliau kekurangan fizikal untuk meneruskan perlawanan. Sebaliknya, beliau menumpukan perhatian pada sekolah dan bekerja sebagai pembantu bapanya\ serta pelbagai kerja seperti menghantar susu dan bekerja di kedai runcit saudaranya.[2]